Rouge s'introduit dans le laboratoire du professeur Chen et permet aux Pokémon de s'échapper dans la nature. En partant en mission pour les récupérer, il prouve au professeur qu'il est plus mature qu'il n'y paraît. Chen lui confie...
Une nouvelle grande aventure s'offre à vous sur les routes de la région de Johto! Suivez Or, un jeune Dresseur arrogant et sûr de lui à la poursuite d'Argent, un mystérieux voleur de Pokémon...